Конструктивно TOPODRONE AQUAMAPPER состоит из 12 модулей, приведенных на схеме ниже:

- UgCS SkyHub. Этот модуль обеспечивает работу высокоточного радара, синхронизируя данные с ПО UgCS и UgCS Custom Payload Monitor.
- Крепление TOPODRONE AQUAMAPPER. Обеспечивает крепление основной вехи к квадрокоптеру DJI M300 / 350. Оснащён быстросъемным механизмом для удобства установки и снятия, а также двухосевым караданом.
- Контроллер TOPODRONE AQUAMAPPER. Данный модуль соединяется с дроном через разъём SkyPort, а с подводным модулем - при помощи кабеля. Логгирует данные, а так же отображает состояние иницилизации ГНСС приёмника.
- Кабель UgCS SkyHub. Подключается с одной стороны к верхнему порту полезной нагрузки квадрокоптера DJI M300 / 350, с другой - к UgCS SkyHub. Верхний разъём дрона оснащён тремя LED индикаторами.
- Радар-альтиметр. Измеряет высоту дрона в режиме реального времени с точностью до 1 см. Обеспечивает безопасную высоту полёта квадрокоптеров DJI M300 / 350 в процессе автоматического полета по маршруту.
- Внешняя ГНСС антенна. Выполняет ГНСС-измерения в процессе работы TOPODRONE AQUAMAPPER. Установлена жёстко на выносной вехе на основном подводном модуле. В процессе работы находится в надводном положении.
- Хвостовой стабилизатор. Задняя часть основного подводного модуля TOPODRONE AQUAMAPPER. Выполняет стабилизирующую функцию для подводной части в процессе автоматического полета по маршруту.
- Основной подводный модуль TOPODRONE AQUAMAPPER. Оснащён батиметрическим эхо-сенсором и ГНСС-приёмником. Водозащищён. В процессе работы модуль полностью находится в подводном положении.
- Веха внешней ГНСС антенны. Обеспечивает надводное положение внешней ГНСС антенны. Установлена жёстко на основной подводный модуль. Может быть частично извлечена и сложена для удобства транспортировки.
- Тяга основного модуля. Установлена на шарнирном креплении. Соединяется с основной штангой TOPODRONE AQUAMAPPER при помощи винтов с барашковым креплением.
- Основная веха с кабелем. Совместно с тягой имеет длинну около 2.6 метров, что обеспечивает безопасную высоту дрона над водой при автоматическом полёте по маршруту. Кабель соединяет основной модуль с контроллером.
- Батиметрический эхо-сенсор. Установлен в основном подводном модуле TOPODRONE AQUAMAPPER. Для защиты поверхности сенсора, незначительно углублён в корпус. Опционально может быть однолучевым или многолучев